Kontrol muayenesi; kurum sağlık kurullarının gerekli görmesi, kurum tarafından verilen kararlara ilişkin süreçler veya denetim ve soruşturmalarda ihtiyaç duyulması gibi nedenlerle de gerçekleştirilebiliyor. SGK ayrıca ihbar ve şikâyet hallerinde de kontrol muayenesi yapılabileceğini belirtiyor.